در ضلع شرقى میدان نقش جهان اصفهان، روبه روى كاخ عالى قاپو، مسجدى قرار دارد كه از زیباترین و چشمگیرترین آثار تاریخى اصفهان است. این بنا كه به مسجد شیخ لطف الله معروف است در زمان حكومت سلسله صفویه به منظور عبادت و تدریس شیخ لطف اله ساخته شد. شیخ لطف الله از علماى شیعى مذهب لبنان و فرزند شیخ عبدالكریم بوده است كه در زمان صفویه، به دلیل رسمیت یافتن مذهب تشیع به عنوان مذهب ایرانیان، همراه با بسیارى دیگر از جمله شیخ بهائى به ایران مهاجرت كرد. این مرد روحانى به هنگام ورود مورد احترام واقع شد و در آغاز به مشهد مقدس رفته ضمن سكنى گزیدن در آن دیار به تبلیغ مذهب تشیع پرداخت. شیخ لطف اله همزمان با تصمیم شاه عباس براى پایتخت قرار دادن اصفهان به این شهر كوچ كرد. شاه عباس صفوى براى اینكه این عالم به تدریس و تبلیغ و امامت مشغول شود دستور داد تا مسجد و مدرسهاى براى او بنا نهند. از این رو بناى این مسجد و مدرسه در سال 1011 هجرى قمرى آغاز شد و تا سال 1028 به دراز كشید.
شیخ لطف الله پس از اتمام بناى مسجد و مدرسه به فعالیتهاى مذهبى پرداخت. مدرسه كه ذكر آن به میان آمد، امروزه وجود ندارد، اما مسجد آن همچنان با زیبایى تمام باقى است. شیخ لطف اله بر اساس مندرجات كتابهاى عالم آراى عباسى و مجمل التواریخ در سال 1032 هجرى قمرى بدرود حیات گفت.
مسجد شیخ لطف الله چند تفاوت اساسى به دیگر مساجد اصفهان دارد. این مسجد داراى صحن نیست و مناره نیز ندارد، حال آنكه مساجد باستانى دیگر معمولاً صحنى بزرگ و مناره یا مناره هایى نیز دارند. گنبد مسجد شیخ اله با گنبدهاى مساجد دیگر متفاوت است و دو پوش پیوسته است. این مسجد به خلاف مساجد دیگر وسعت چندانى ندارد و در حقیقت نمازخانهاى كوچك است. از عجیبترین هنرهاى به كار رفته در این مسجد كه زاییده ذوق و استعداد هنرمندان معمار ایرانى است، حل مشكل قبله در این مسجد است كه در شرق میدان واقع است.
پوپدر این زمینه چنین نوشته است:
... چون مسجد در ضلع شرقى میدان واقع است و خواه ناخواه در ورودى مسجد به سمت شرق میدان خواهد بود، اگر بنا بود مسجد را نیز به همین جهت مى ساختند، كار جهت یابى از لحاظ قبله مختل مى شد. در اینجا با ایجاد یك راهرو كه از ابتداى مدخل مسجد به سمت چپ و سپس به سمت راست مى چرخد، بر این مشكل فائق آمده اند ؛ یعنى اگر چه ساختمان مسجد درمشرق است و از نماى خارجى آن چنین بر مىآید كه دیوار جبهه ان در جهت شمال به جنوب است لیكن در همین دیوار محراب بنا شده كه به سوى قبله است و وقتى به عظمت این فكر پى مى بریم كه در بیرون مسجد اثرى از كجى و زاویه به چشم نمى خورد اما به مجرد ورود ناچاریم قبول كنیم كه صحن نیست به نماى خارجى پیچش دارد در صورتى كه گنبد كوتاه مسجد به علت مدور بودن جهت با زاویه مخالفى نشان نمى دهد.
البته باید خاطر نشان كرد كه دهلیز ورودى مسجد به این دلیل كه همانند زاویه اى قائمه ساخته شده كمتر كسى به محض ورود انحراف مسجد را نسبت به ضلع میدان در مى یابد. بناى مسجد بر یك چهار ضلعى استوار است كه در قسمت بالاتر بنا به هشت ضلعى تبدیل شده در نهایت دایره وار به ساقه گنبد مى پیوندد. دیوارهاى مسجد شیخ لطف اله براى تحمل سنگینى و فشار گنبد قطور ساخته شده اند و به طورى كه آن را از قسمت پنجرهها اندازه گرفتهاند به یك متر و هفتاد سانتیمتر و در قسمتهاى اصلى به پیش از دو متر هم مى رسد. كف مسجد از سطح میدان بالاتر است. در ساختمان و تزئین اژدرهاى سردر و جلوخان و همچنین سكوهاى طرفین سردر، مرمرهاى بسیار خوب به كار رفته و بفیه قسمتهاى جلوخان و سر در با كاشیهاى خشتى الوان و معرق زینت یافتهاند. در این تزئینات نقوش هندسى، گل و بوته، طاووس و همچنین كتیبه هایى به چشم مى خورد كه به خط خوش نسخ و نستعلیق نوشته شدهاند. اطراف جناغ تاق با كاشى پیچ فیروزهاى زینت یافته است. مقرنس كارى بى نظیرى از كاشیكارى معرق زیر جناغ تاق وجود دارد كه زیر آنها در وسط سردرپنجرهاى مشبك از كاشى ساختهاند. سردر با نقوش و رنگهاى متنوعى تزئین شدهاست كه چشم را خیره مى كند.
بالاى پنجرهاى سر در مسجد دو كتیبه به خط نستعلیق وجود دارد كه یكى از آنهاچنین عبارتى را در بردارد: ((مایه محتشمى خدمت اولاد على است)) كتیبه بزرگ و اصلى واقع در سر در مسجد به خط علیرضا عباسى است كه با خط ثلث بر كاشیهاى معرق نوشته شده است. دو كتیبه بزرگ كه به صورت كمربندى درون گنبد موجودند نیز به خط همین استادند. علیرضا عباسى از هنرمندان بزرگ عهد صفویه است. او تبریزى بود و خطوط ثلث و نسخ را در محضر استادانى چون ملا محمد حسین و علاء الدین محمد بن محمد تبریزى آموخت. او هنگام تصرف تبریز به دست عثمانیان به قزوین آمد و هنگامى كه پایتخت از قزوین به اصفهان منتقل گردید او نیز همچون شیخ لطف اله به اصفهان آمد. او به آموزش بسیارى از خطاطان آن زمان پرداخت. خط علیرضا عباسى را در بسیارى از كتیبههاى موجود در بناهاى تاریخى شهرهایى چون مشهد، قزوین و اصفهان مى توان مشاهده كرد. از تاریخ مرگ این هنرمند اطلاع دقیقى در دست نیست.
نقوش و رنگهاى به كار رفته در كاشیكارى استادانه گنبد مسجد از زیباترین كاشیكاریهاى موجود در معمارى ایران است. كاشي كاري هاي موجود در مسجد شيخ لطف الله عموماً كاشي هاي هفت رنگ است اما با اين حال در قسمت هايي از اين بنا و به خصوص محراب آن از كاشي معرق استفاده شده است كاشي كاري در اين بنا فوق العاده زيبا است و آياتي از قرآن را بر روي بدنه هاي داخلي و همچنين ورودي بنا مشاهده مي كنيم كه تماماً معرق است به خط ثلث استاد عباسي اصفهاني كه نشاني از ارزش را در اين بنا پديدار مي كند در ورودي اين بنا بيشتر از رنگ آبي استفاده شده است و در دالان بنا با آميخته شدن با رنگ هاي روشن كمي آمادگي را براي حضور در گنبد خانه كه تا نصف ارتفاع به رنگ هاي آبي و سفيد و زرد و پس از آن گنبدي با رنگ روشن و طلايي كه بي شك يكي از زيباترين گنبد خانه هاي دنيا است را مي بينيم گنبدي كه به نسبت ساير گنبد ها ارتفاع كمتري دارد اما نوع كاشي كاري و انتخاب رنگها و وارد كردن نور به آن فضا احساسي درون ما ايجاد مي كنند كه در زير بلند ترين گنبد جهان ايستاده ايم و اين اغراق نيست نوع كاشي كاري گنبد خانه تا حدي ظريف است كه اين ظرافت باعث شده كه ما تصور ارتفاع زيادي از آن داشته باشيم در اگنبد خانه اين بنا 16 پنجره كوچك مي بينيم كه در فرم ايجاد گنبد از زمينهمربع به دايره نشئات گرفته اما جالب تر وجود 32 نگاره به وسيله كاشي است كه تا نوك گنبد اين تعداد ثابت است و فقط اندازه ي آن ها كوچك مي شود اين اعدا و ارقام بي دليل نيست و بر مس گردد به تبديلات مربع به چهار تاقي كه به تفصيل در بخش گنبد اين مجموعه به آن مي پردازيم.
نور درون مسجد از پنجرههاى مشبكى كه در جوانب گوناگون ساقه گنبد ساخته شدهاند تامین مى شود. پرتوى كه از این پنجرهها به درون مسجد مىتابد، علاوه بر اینجاد روشنایى كافى، خود به خود نمایشگر فضاى روحانى بناست
محراب مسجد زیباى شیخ لطف الله از شاهكارهاى بى نظیر هنر معمارى و از زیباترین محرابهایى است كه در مساجد دیگر اصفهان مى توان مشاهده كرد. این محراب با كاشیكارى معرق و مقرنسهاى بسیار دلپذیر تزیین شده است.درون محراب دو لوح وجود دارد كه عبارت »عمل فقیر حقیر محتاج برحمت خدا محمد رضا بن استاد حسین بناء اصفهان را مى توان در آنها مشاهده كرد. در اطراف محراب كتیبه هاى دیگرى به خط علیرضا عباسى و خطاط دیگرى كه باقر نام داشته است، دیده مى شود. در این كتیبه ها روایاتى از پیامبر اكرم و امام ششم شیعیان امام جعفر صادق نقل شده است. اشعارى نیز بر كتیبه هاى ضلعهاى شرقى و غربى به چشم مى خورد كه احتمالاً سراینده آنها شیخ بهایى، عارف دانشمند و شاعر بزرگ دوره صفوى است.
همان طور كه گفته شد در ورودى مسجد به دهلیزى به صورت زاویهاى قائمه باز مى شود كه به دو در دیگر مى انجامد كه از این دو مى توان وارد مسجد شد. یكى از این درها به طرف محراب و دیگرى به سوى شمال غرب مسجد قرار گرفته است. از همین دهلیز به شبستان زمستانى و همچنین به پشت بام نیز مى توان وارد شد.پوپدر مورد این مسجد نوشته است: کوچکترین نقطه ضعفی در این بنا دیده نمی شود اندازه ها بسیار مناسب نقشه طرح بسیار قوى و زیبا و به طور خلاصه توافقى است بین یك دنیا شور و هیجان و یك سكوت و آرامش با شكوه كه نماینده ذوق سرشار زیباشناسى بوده و منبعى جز ایمان مذهبى و الهام آسمانى نمى تواند داشته باشد.